Die Geschichte der Bonnuskirche beginnt nicht erst am 16. August 1964, dem Tag der Kirchweihe.
Bereits Ende der fünfziger Jahre beschäftigte sich die Katharinengemeinde mit der Frage eines Kirchenneubaus, um der Ausdehnung der Stadt in westlicher Richtung gerecht zu werden. Aus dem vierten Gemeindebezirk, der das Gebiet der Illoshöhe umfaßte, sollte mit einem Teil der Mariengemeinde eine eigenständige Gemeinde werden. Die Kirche war zwischen Höhenweg (heutige Obere Martinistraße) und Bredowstraße geplant.
Schon in der zweiten Hälfte des Jahres 1960 gab es die ersten Gottesdienste für die Menschen im westlichsten Pfarrbezirk, die in der Rückertschule abgehalten wurden. Für die folgenden Jahre sollte die Rückertschule die sonntägliche Heimat der noch zu gründenden neuen Gemeinde sein. Aus Platzgründen wechselte man lediglich für die Konfirmationen in die Katharinenkirche hinüber.
Nachdem die drei Pastoren der Katharinenkirche zunächst abwechselnd die Geschäfte im Pfarrbezirk wahrgenommen hatten, konnte im April 1961 die vierte Pfarrstelle mit Pastor Fischer besetzt werden.
Die Planung des Neubaus der Kirche hatte mittlerweile konkrete Formen angenommen, und am 1. Januar 1962 wurde die Bonnusgemeinde, bestehend aus Teilen der Katharinen- und Mariengemeinde, offiziell ins Leben gerufen. Noch im gleichen Jahr wurde am 17. August mit dem Bau einer Kirche in Zeltform für die 3.049 Gemeindeglieder begonnen und am Erntedankfest der Grundstein von Landessuperintendent Degener gelegt.